Ada beberapa perbedaan antara glikolisis dan glukoneogenesis yang diantaranya yaitu:

• Tiga reaksi dasar ireversibel dari jalur glikolat yang dielakkan dalam jalur glukoneogenesis dengan memotong empat reaksi.
• Glukoneogenesis meruapakan jalur anabolik sementara glikolisis ialah jalur katabolik.
• Glikolisis merupakan jalur eksergonik, sehingga menghasilkan dua ATP per glukosa. Glukoneogenesis membutuhkan penambahan hidrolisis enam ikatan phosphoanhydride (empat dari ATP dan dua dari GTP) untuk mengarahkan proses pembentukan glukosa.
• Glukoneogenesis terjadi terutama di hati sedangkan glikolisis terjadi pada otot dan berbagai jaringan lainnya.
• Glikolisis ialah proses catabolizing glukosa dan karbohidrat lainnya sementara glukoneogenesis ialah proses sintesis gula dan polisakarida.
• Tujuh reaksi pertama dijalur glukoneogenesis terjadi dengan pembalikan sederhana dari reaksi yang sesuai dalam jalur glikolisis.
• Glikolisis menggunakan dua molekul ATP tapi menghasilkan empat. Oleh karena itu, ATP mendapat keuntungan dua per glukosa. Di sisi lain, glukoneogenesis mengjonsumsi enam molekul ATP dan mensintesis satu molekul glukosa.