Ciliata memiliki peranan yang menguntungkan dan merugikan antara lain yaitu sebagai berikut :

• Peranan Ciliata yang Menguntungkan : Didinium, mirip dengan ceret bertangkai yang mempunyai peranan sebagai predator di air tawar
• Peranan Ciliata yang Merugikan : Balantidium coli, hidup parasit dalam usus manusia yang mampu mengakibatkan gangguan perut dan bisa menyebabkan diare berdarah.